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问与答

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【Discovery Studio】当蛋白的结合位点选定的时候,如何使用Discovery Studio软件将该选定结合位点的区域的重要氨基酸标记出来?

您可以双击选择重要的氨基酸,右键 | Labels | Add来添加标签,如果是要标记氨基酸的话,在弹出的小窗口中设置Objects为AminoAcid。

【Discovery Studio】我在用CDOCKER对接的时候,怎么没能产生pose?

CDOCKER没有对接结果,一般可以从以下几个方面来考虑:
1.定义的Binding Sphere的半径:该值只要保证有足够的空间供配体进行对接即可,您设置的30已经很大了,因此并不是影响您对接结果的原因,建议还是可以调小一点;
2.使用高温动力学产生多构象时的步数:即Random Conformation下的Dynamics Steps参数项,增大该参数,可以使配体产生更合理的多构象;
3.配体对接入蛋白活性位点之后的Orientation参数:即Maximum Bad Orientations和Orientation vdW Energy Threshold两个参数,增大这两个参数,可以获得更多的对接pose。
因此,建议您可以对后两点提到的参数进行调整。

如何计算药物代谢产物的药代参数如Vz和CL,因为代谢产物给药剂量未知

在代谢产物的药代研究中,可以选择Phoenix WinNonlin自编译模型(Phoenix model)
进行参数的计算,在自编译模型中设置一条主药代谢为代谢产物的途径,然后由Phoenix Model来计算相关的参数。

如果最后的采血点为8h、24h,当24h测不到时,AUClast 计算的面积是0-8h,还是0-24h? 指导原则中提到的Cmax1/10是否指实际能测到的点?如上面提到的8h?

AUClast计算的是从给药到最后一个实际测定的浓度点的AUC,因此当24h测不到时是
计算0-8h的AUC。指导原则中相关参数都是按实际测量的数据进行参数计算的,因此指的是实际测量到的浓度点。AUClast计算的是从给药到最后一个实际测定的浓度点的AUC,因此当24h测不到时是计算0-8h的AUC。指导原则中相关参数都是按实际测量的数据进行参数计算的,因此指的是实际测量到的浓度点。AUClast计算的是从给药到最后一个实际测定的浓度点的AUC,因此当24h测不到时是计算0-8h的AUC。指导原则中相关参数都是按实际测量的数据进行参数计算的,因此指的是实际测量到的浓度点。

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