• 用户登录
  • 免费注册
用户名:
密码:
用户名:
密码:
确认密码:
Email:
手机:
*  单位:
*  姓名:
否参加过创腾科技举办的培训班?  是       否
服务

问与答

您当前的位置: > 学院首页 > 问与答

【Discovery Studio】蛋白不对接小分子,能不能查看结合位点有哪些氨基酸,如何操作?

首先可以通过实验数据或文献信息(关键氨基酸)判断结合位点,如果没有上述信息可以采用DS中Find Sites from Receptor Cavities工具来找寻潜在的活性位点,然后再查看活性位点处残基即可。

【Discovery Studio】进行蛋白同源建模时,对模板蛋白的同源性要求是多少?

模板同源性越高得到的模型质量越高,同源性越低则虽然可以构建模型但可靠性却大大降低,因此尽可能找同源性高的模板来进行模建,如果条件不允许那么通常同源性最好也能在30%以上。

【Discovery Studio】DS中哪一个模块是对分子对接进行评价的,如何比较同一配体对接蛋白的不同构象,如何比较不同配体对同一蛋白的对接效果,以及如何评价或计算对接的稳定性?

分子对接结果的评价可以采用不同的方法:对接打分比较、作用模式及相互作用(如氢键等)的观察、参与作用的氨基酸残基是否符合实验结果或文献调研信息、结合能等,这些评价方式同时适用于相同配体的不同对接构象以及不同配体的对接结果,其中氢键、pai-pai键相互作用可以通过点击Tools/Receptor-ligand Interactions/ Visualize Receptor-Ligand Interactions下选项来显示,受体-配体结合能可以通过Calculate binding energy模块来实现。

【Discovery Studio】请问用CDOCKER或者Ligandfit做对接的时候,能不能随便的改变某一个或某几个氨基酸的取向呢?

这两种对接方法都是半柔性对接算法,也就是说蛋白在对接过程中都是保持刚性的,因此氨基酸残基都只保持初始构象,不会作任何变动。
如果你想要考虑残基的构象变化因素,建议可以采用柔性对接方法。

【Discovery Studio】通常情况下在做分子对接的时候需要对蛋白和配体分子做那些准备呢?

一般说来,蛋白一定要经过Clean Protein处理,小分子一定要经过加氢处理,这是所有的对接和药效团所通用的。
如果使用CDocker的话,建议分别对蛋白和小分子先加力场,然后再对接,否则可能会出现报错。加力场是通过Tools | Simulation | Change Forcefield | Apply Forcefiled,一般采用默认的力场和赋电荷方法即可。
蛋白结构一般是不需要进行优化的。小分子是否优化取决于其来源,如果是来源于数据库,则该小分子的结构一般已经被优化过了,不需要再进行优化,而如果是自己手动画出来的,则一定要进行优化。优化的方法是在Tools | Small Molecules | Minimize Ligands | Full Minimization,该方法可以批量的优化多个小分子,采用默认参数进行优化即可。

您的Email:
提问标题:
提问内容: