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【Materials Studio】Forcite模块的培训下半年有安排吗?大概什么时间会有相关的培训?

Forcite的培训在下半年有安排,时间会放在11月或者12月。具体安排请您关注创腾科技的微信。或者关注创腾科技网站:http://www.neotrident.com/,找到培训中心,上面会定期更新培训安排。

【Discovery Studio】使用discovery studio做了一个氨基酸的突变,之后做了minimization,再calculate energy,然后是要比对两个蛋白的能量变化吗,什么样的变化是稳定性较好的?

是的,可以从能量角度考察突变前后蛋白的变化,能量越低越稳定,因此,突变后蛋白能量下降则就表明稳定性有所提高。另,从Discovery Studio3.0版本开始,新增Protein Design功能,可以自动进行虚拟氨基酸突变并自动计算突变前后能量差值以考虑蛋白稳定性或蛋白复合物结合亲和力等突变效应。

【Discovery Studio】在使用同源建模获得了抗体3D结构并进行了profile-3d评估,如何对结果中白色乃至红色的部分进行修正?

Profile-3D评价同源模型后的结果,可以查看具体氨基酸的打分并依据打分作曲线图,如若氨基酸打分低于零则不太合理,可以根据其是否在关键区域来判断是否需后续优化,另建议可以参考模板的评估结果来辅助判断是否需进一步优化;优化方法可以采用DS中局部优化,如loop refinement、sidechain refinement,或者采用DS CHARMm分子动力学、minimization进行局部或全局优化。

【WinNonlin】非房室模型中一般也要加权重计算吗?

 

可以根据实际需要选择,因为非房室模型中权重是用于末端消除半衰期的计算,一般进入末端消除相的浓度点差别不大,一般不用选择权重。当然有的单位可能有SOP规定权重的选择,这时应该遵循相关的SOP。

【WinNonlin】在生物等效性研究中,消除末端点经常存在“跳点”的现象,这种情况应该怎么处理?

 

首先确认末端点“跳点”不是分析测试等原因导致的。消除相出现跳点时,WinNonlin “Best fit”的计算一般选择进入消除相的点会比较多一些(先选择后3点,然后逐渐增加浓度点计算adjusted R2)。如果使用Time range的方式,建议不要轻易删除末点,可以选择较多的数据点进入末端消除半衰期的计算以减少跳点的影响,如果计算的adjusted R2小于0.85-0.9,建议该数据不进入最后数据的统计中。

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