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问与答

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Discovery studio 柔性对接和分子动力学

1.libdockscore值越高越好,另可通过查看结果中的-CDOCKER ENERGY打分来评价,这也是比较对接结果好坏的一个参考;
2.不同配体的对接结果之间的比较,打分是一个参考,另可从对接模式和同关键残基的相互作用角度来比较好坏,受体-配体间能量的计算也是一种方法;
3.动力学结果中理应有dcd轨迹文件,动力学结果在DS窗口中打开有可能不会自动载入,但运行结果的output文件夹中理应有dcd文件,可再进行确认。

Dmol3计算周期性的体系,真空层应选取多大?

DMol3或者CASTEP等模块会使用三维的周期性的带真空层的结构来模拟二维表面结构。关于真空层厚度的选取问题,厚度的大小通常要保证吸附原子仅和表层原子有作用,而和下一个周期中的地面没有相互作用,如果吸附一个分子和原子,则10埃通常就够了,但是如果分子较大,则可能需要更大的真空层。真空层的大小可以测试,比如通过不同真空层厚度情况下的吸附能是否收敛来判断,也有其他的判据,您可参看相关文献。

【Discovery Studio】如何将受体蛋白中选定的一段氨基酸序列定义为柔性残基?

需视选定柔性残基的目的而定,如需进行柔性分子对接,那么可选择相应残基,然后设定Flexible Docking模块中Selected Residues参数即可。

关于Dmol3模块计算吸附过渡态频率的问题

您好,DMol3支持部分频率分析,具体的操作方式是在dmol3性质计算栏中勾选frequency,在frequency下勾选calculate partial hessian,同时通过Add选项选中要计算频率的原子。完成以上操作即可计算部分原子的频率

【Discovery Studio】win8系统安装ds后可以连服务器,但提交任务后一直处于运算状态

DS3.1的官方发布可支持的操作系统可参看:http://accelrys.com/products/discovery-studio/requirements/technical-requirements-310.html,建议可以换个支持的操作系统尝试一下。

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