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问与答

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【Discovery Studio】配体结构是用Chemdraw画的2D平面结构可否直接用于分子对接?

不可以,进行分子对接前的小分子配体必须是正确的3D结构,2D结构中原子基团没有正确的3D信息,直接用于分子对接会产生错误的结果或者导致对接错误等。因此分子对接之前必须要将2D结构转换为正确的3D结构后才能用于分子对接,2D转3D可以使用软件中的Prepare Ligands程序。

Discovery Studio 2016中CapDiverse Database如何添加?

这个数据库在另外一个文件夹中,您只需把另外一个文件夹中的(比如:D:\Program Files\BIOVIA\PPS\apps\scitegic\dscore\public\data\CatalystDB)里面的CapDiverse文件夹直接拷贝到类似这个目录(D:\Program Files\BIOVIA\PPS\public\DS\CatalystDB)就可以了,这样在使用Search 3D Database的时候就能看到CapDiverse数据库了。如果您那边是LINUX系统,就从您那边的系统里面找相应目录所在路径进行同样的操作就可以了。

【Materials Studio】Amorphous 模块下面的两个可选功能 Calculation与Construction(Legacy)搭建的模型有什么区别?

Calculation使用Forcite引擎进行计算,Construction(Legacy)使用早期的Discover引擎进行计算,后者已经在新版本被淘汰掉了

在DS中如何成功运行GOLD分子对接模块?

DS软件为GOLD对接程序提供了一个接口,方便用户通过DS的友好界面来进行对接前期的体系预处理、对接操作及后期对接结果的分析;如果要在DS界面中成功运行Dock Ligands(GOLD)模块,需具备以下几个条件:
•  电脑已成功安装GOLD;
•  要有GOLD 的license许可文件;
•  在DS安装路径下$(Pipeline Pilot Install Folder)/apps/scitegic/dscore/server/share/SBD/找到GOLD_location文件,在该文件中输入GOLD的安装目录。

关于DS中构建蛋白突变体Build Mutant模块,一般Cut Radius设置为多少比较合适?该数值的含义以及单位是什么?

DS中Build Mutant模块可对蛋白中任意选中氨基酸残基进行虚拟突变并构建得到突变蛋白三维结构,构建过程中cut radius参数主要是指明在突变残基周围多少范围内进行局部优化,单位是埃;如果突变后残基同突变前残基在size上比较类似,该值推荐设为0用以只优化该突变残基;如果突变后残基同突变前残基在size上差异比较大,该值推荐设为4.5埃用以包含相邻的残基一同进行局部优化;另也可以以该模块所得突变结构作为初始结构,通过MD分子动力学模拟来进行精细优化。

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