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培训新闻

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BIOVIA Discovery Studio 2019新版本发布

2019-03-26        
分子模拟技术在复杂的生命体系的建模和研究中发挥着巨大的作用。Discovery Studio® 作为 BIOVIA 公司一款旗舰级的计算科学应用软件,在计算生物学和药物设计领域都有着广泛的应用。最新版的Discovery Studio® 实现了基于 CHARMm GPU 进行高效的分子动力学模拟,大大提高了计算效率。基于BIOVIA Pipeline PilotTM 建立起来的 Discovery Studio®为生命科学的研发提供最全面、最高效的共享协作模拟平台。
 
   全新!通过OpenMM 进行基于GPU 的分子动力学模拟
• 通过OpenMM GPU 进行分子动力学模拟可以大大提高计算效率,降低计算成本。
• CHARMm-GPU使用1个GPU的计算速度是NAMD使用8个CPU核进行并行计算速度的9倍。
• Dynamics (Production): 增加了选择使用GPU的参数选项。
 
   加强功能!格点技术支持分子动力学模拟
• Dynamics (Production): 可以通过作业管理系统使用CPU和GPU。
• Dynamics (NAMD): 可以通过作业管理系统使用CPU。
 
   加强功能!蛋白质建模功能
• Predict Humanizing Mutations: 可以同时对轻链和重链进行人源化设计,且同时计算
轻链重链对抗体结构稳定性的影响。
• Antibody Modeling Cascade: 预测结构中的氨基酸残基按照抗体注释方式进行编号;
对预测出的结构的序列进行了注释。
• Protein Ionization and Residue pK: 可以一次输入多个蛋白分子,并提高了计算溶剂
化能的速度。
 
    新功能! Analyze Crystal Contacts, 产生和分析晶体结构接触位点
• 在不对称的PDB晶体结构单元周围快速生成对称的副本结构。
• 通过计算溶剂可及面积来识别接触的氨基酸位点,并用不同的颜色进行标注。
• 找到并显示出原结构与副本结构之间的非键相互作用。也可以分析与副本结构形成的一些水桥作用。
其他升级
• CHARMm: 升级到最新的学术版C42b21。
• NAMD: 升级到最新的V2.12。
• MODELER: 升级到最新版本V9.202。
• BLAST+: 升级到V2.7.1。
 
    加强功能!
• Ligand Pharmacophore Mapping: 显示每个匹配药效团模型的原子贡献。
兼容性
• Discovery Studio 2019与最新版的 BIOVIA Pipeline Pilot 2019兼容。
数据库
• 抗体模板数据库已更新到最新的PDB数据库(基于2018年7月发布的PDB数据库)。
• RCSB Ligand Database已在RCSB Structure Search Protocol中更新(2018年7月,27028条目)。
参考文献
1. Brooks B. R., Brooks III C. L., Mackerell A. D., Karplus M., et al, J. Comp.Chem., 2009, 30, 1545-1615.
2. Eswar N., Marti-Renom M. A. Webb B., Madhusudhan M. S., EramianD., Shen M., Pieper U., Sali A., Current Protocols in
Bioinformatics,John Wiley & Sons, Inc., 2006, Supplement 15, 5.6.1-5.6.30.
 

☊  查看已结束的DS 2019发布会视频请点击此处

联系人:邵女士;

电话:021-51821768转219;

Email:market@neotrident.com