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培训新闻

Discovery Studio

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11月国家级继续医学教育项目(分子模拟技术在生命科学中的应用)

培训主题:11月国家级继续医学教育项目(分子模拟技术在生命科学中的应用)

培训时间:2019年11月15-17日(共3天)

培训地点:北京大学医学部

培训简介:本次培训旨在提高对生命科学中多种经典的分子模拟技术(同源建模、分子对接、分子动力学模拟(GPU)、蛋白对接、蛋白设计和药效团)的系统掌握。

在线报名 返回课程
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点击下载培训通知

● 主办单位:北京大学医学部

● 协办单位:北京创腾科技有限公司

● 培训时间:11月15-17日

● 培训地点:北京大学医学部

● 拟授学分分值:6分

随着多学科交叉理论的发展和计算机性能的提升,分子模拟技术已被应用到生命科学的各个领域,发展成为一种切实有效的手段与工具来加速科研的进程,越来越多的科研人员都已经意识到分子模拟技术的重要性并将其引入到平时的科研工作当中。由北京大学基础医学院主办, 北京创腾科技有限公司协办的 “分子模拟技术在生命科学中的应用培训班“ 将定于2019年11月在北京举办,培训为期三天

 

► 培训主旨:

本次培训旨在提高对生命科学中多种经典的分子模拟技术(同源建模、分子对接、分子动力学模拟(GPU)、蛋白对接、蛋白设计药效团)的系统掌握,同时依托综合性应用于生命科学领域的Discovery Studio分子模拟平台,通过上机加深对操作流程、参数设置技巧、结果分析的理解,提升解决问题的应用能力,以辅助进行生命科学的研究,内容涉及:虚拟筛选、药物设计、基于小分子结构的靶标预测、酶、抗体等蛋白结构功能研究设计等。我们诚邀广大科研工作者报名参加,现将有关事项通知如下:

 

 培训内容:

 Discovery Studio软件基本介绍:分子模拟概述,DS软件基本情况介绍及基础操作。

● 蛋白质三维结构的预测——同源建模:介绍同源建模方法的原理和操作流程及后续对结构模型的评估和优化。

● 分子间相互作用的预测——分子对接:介绍不同分子对接方法的原理、应用和操作流程,蛋白-小分子/蛋白-蛋白(抗体-抗原)结合模式的确定、结合表面关键残基的分析方法并上机操作。

● 分子构象动态变化的预测及分析——分子动力学模拟(NEW!):基于GPU进行的分子动力学模拟,帮助科研人员大大降低计算成本,提高研发效率。

● 蛋白亲和性、稳定性的优化——蛋白理性设计:介绍通过蛋白虚拟氨基酸突变方法进行蛋白质改造优化的原理和操作,实现提高酶-底物(抑制剂)亲和力、酶稳定性、抗体亲和性成熟、抗体稳定性优化等应用。

● 药效团模型的构建及应用:介绍不同药效团模型的构建方法与操作,介绍基于药效团模型的药物虚拟筛选和反向找靶并上机操作。

 

 培训对象:

所有对分子模拟感兴趣、希望了解分子模拟并将模拟技术应用于药物研发、蛋白结构功能研究、抗体研究、酶研究、多肽研究等领域的科研人员;所有对DS感兴趣、希望进一步系统掌握DS平台中经典功能的原理及应用并能够快速上机模拟操作相关课题的老师和同学等。

 

► 培训形式:

● 专业针对分子模拟进行系统培训,培训模式结合了理论授课及上机操作;

● 通过文献案例分析介绍多种经典的分子模拟技术,及相应功能模块的原理介绍;

● 通过上机操作讲解每种计算方法的具体操作流程及参数设置,进行实战演练,有利于全方位的熟悉并掌握分子模拟技术并应用于生命科学领域。

 

► 培训证书与学分:

课程结束后学员可获得结业证书,并获得国家继续教育学分6分

1、非北京市机关事业单位人员,培训班结束后会由国家统一颁发继续教育学分证书;

2、北京市单位人员(尤其是医院、研究所等)将会计入学分系统。

 课程安排:请查看上方“课程表”选项

► 网站报名:点击此处欢迎感兴趣的老师和同学踊跃报名。名额有限,报名从速!

    手机报名:识别以下二维码,手机提交报名     
    说明:本次培训40个名额,额满截止报名。
             培训费用将在9月底发布的第二轮通知中发布,敬请关注!(有意向参加者建议先提交报名信息,工作人员会优先通知您)

 

                     
                        手机报名二维码

主办:北京大学基础医学院

协办:北京创腾科技有限公司

                                     2019年9月2日


► 培训班联系人

创腾科技有限公司 市场部

电话:0512-67509707(转220)(叶小姐); 021-51821768转233(陈小姐),13916858963

Email:market@neotrident.com

培训网站http://training.neotrident.com/

 

日期

时间

培训内容

第一天

08:00-09:00

报到和注册

报到地点:北京大学医学部

09:00-10:30

Discovery Studio基本界面

DS基础界面介绍,蛋白与小分子的预处理方法介绍与入门操作

10:30-10:45

茶歇

10:45-12:00

蛋白质三维结构的预测-同源建模MODELER

同源建模核心原理介绍,同源建模参数设置讲解。

12:00-13:30

午餐

13:30-14:45

蛋白质三维结构的预测-同源建模MODELER

同源模建实际操作技巧及结果分析。

14:45-15:00

茶歇

15:00-16:30

蛋白-小分子对接LibDOCK

分子对接的核心与原理,蛋白活性位点定义方法,分子对接结果的分析,最优对接构象的选取方法,LibDOCK的原理、参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。

16:30-17:00

课程讨论及答疑

 

第二天

09:00-10:30

蛋白-小分子对接CDOCKER、Flexible Docking

作用机理的解释手段,CDOCKER原理介绍、参数设置技巧和实际操作技巧等。对接过程中蛋白分子柔性的考虑方法,Flexible Docking原理介绍、参数设置技巧和实际操作技巧等。

10:30-10:45

茶歇

10:45-12:00

分子动力学模拟 CHARMm-基于GPU的分子动力学模拟计算(NEW!

Discovery Studio软件中分子动力学模拟的工具和方法。包括:分子动力学原理,分子动力学模拟前输入文件的准备和预处理及结果分析等。

12:00-13:30

午餐

13:30-15:00

蛋白-蛋白(抗体-抗原)相互作用预测ZDOCK

抗体-抗原,蛋白-蛋白/核酸/多肽结合模式的确定,结合表面关键残基的分析,原理介绍、案例分析、参数设置、实际操作技巧及结果分析。

15:00-15:15

茶歇

15:15-16:30

蛋白设计:蛋白虚拟氨基酸突变

突变位点、突变组合的建议以提高蛋白复合物亲和力或者提高蛋白的热稳性,pH和温度等环境因素的考虑,抗体亲和力成熟,抗体稳定性优化,原理介绍、参数设置、实际操作技巧及结果分析

16:30-17:00

课程讨论及答疑

第三天

9:00-10:15

药效团模型的构建及应用-定性药效团模型的构建HipHop

经典的基于配体的药物设计方法,训练集分子的选取依据,药效团模型的评价方法,基于药效团的药物虚筛方法。Hiphop参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。

10:15-10:30

茶歇

10:30-12:00

药效团模型的构建及应用-定量药效团模型的构建HypoGen

经典的基于配体的药物设计方法,训练集分子的选取依据,药效团模型的评价方法。HypoGen参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。

12:00-13:30

午餐

13:30-14:45

药效团模型的构建及应用-基于靶标结构的药效团模型构建SBP

SBP方法的原理、实际操作方法。

14:45-15:00

茶歇

15:00-16:30

药效团模型的构建及应用-基于受体-配体复合物的药效团模型构建CBP基于药效团模型数据库PharmaDB的反向找靶

CBP方法的原理及操作,反向找靶的策略,基于药效团反向找靶的结果分析,靶标的确认方法等。

16:30-17:00

课程讨论及答疑


 

将于9月底二轮通知中放出,敬请期待。

 培训地点:北京大学医学部

►  培训地址:北京市海淀区学院路38号

 训周边住宿:(请学员自行预定,费用自理)

1)    宾馆名称:汉庭酒店(北京中关村学院桥店)    010-82326688

       宾馆地址:北京市海淀区学院路31号6号楼

2) 宾馆名称:海友良品酒店(中关村学院桥店)   010-61196131

      宾馆地址:北京市海淀区北四环中路265号

3) 宾馆名称:牡丹宾馆     010-62025544
      宾馆地址:北京市海淀区花园东路31号

注:以上三个经济型酒店供学员参考,请学员提早预定住宿。

 

 周边住宿地图参考

 

 交通路线参考:

• 北京南站

1、【北京南站(C南口)】上车乘坐地铁4号线大兴线(安河桥北方向),【海淀黄庄站】下车,换乘10号线(知春里方向),【西土城站(B东北口)】下车,步行444米到【学知桥北站】乘坐386路公交车(清河营公交场站方向),【学院桥东站】下车,步行100米到达,全程约1小时10分钟。

2、打车约18.6公里,全程需40分钟。

• 北京西站

1、【北京西站(A北口)】上车乘坐地铁9号线(国家图书馆方向),【国家图书馆站】下车,换乘4号线大兴线(安河桥北方向),【海淀黄庄站】下车,换乘地铁10号线(知春里方向),【西土城站(B东北口)】下车,步行425米到【学知桥北站】换乘693路公交车(育新小区方向),【北京航空航天大学站】下车,步行783米到达,全程约53分钟。

2、打车约14公里,全程需35分钟。

• 北京站

1、【北京站(D南口)】上车乘坐地铁2号线(崇文门方向),【车公庄站(B东北口)】下车,步行332米到【车公庄北站】乘坐632路公交车(五彩城公交场站方向),【北京航空航天大学站】下车,步行233米到达,全程约50分钟。

2、打车约19公里,全程需45分钟。