• 用户登录
  • 免费注册
用户名:
密码:
用户名:
密码:
确认密码:
Email:
手机:
*  单位:
*  姓名:
否参加过创腾科技举办的培训班?  是       否
培训新闻

Discovery Studio

分享到:

6月分子动力学模拟,GPU计算培训班【取消】

培训主题:6月分子动力学模拟,GPU计算培训班【取消】

培训时间:2019年6月19-21日(共三天)

培训地点:苏州创腾科技培训中心

培训简介:本次培训班旨在帮助学员系统了解、掌握分子动力学模拟技术的核心原理、参数设置技巧、结果分析、热点问题解决及如何应用Discovery Studio进行分子动力学模拟并上机操作。

在线报名 返回课程
  • 培训介绍
  • 课程表
  • 培训费用
  • 住宿交通

点击下载PDF盖章通知
培训时间:2019年月6月19-21日(周三至周五)

培训地点:苏州创腾科技培训中心(江苏省苏州市工业园区东长路88号2.5产业园A2栋301室)

分子动力学是一套分子模拟方法,该方法主要是依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动,以在由分子体系的不同状态构成的系统中抽取样本,从而计算体系的构型积分,并以构型积分的结果为基础进一步计算体系的热力学量和其他宏观性质。随着人们对于大分子结构和功能的逐步认识,对分子层面的动态变化了解的需求逐渐增多,进一步推动了分子动力学的快速发展。目前,分子动力学模拟已经成为研究分子构象变化、功能解析的强有力工具和必不可少的研究手段,被广泛用于生命科学、化学工程、物理科学、药物研发、材料科学等领域。近年来,随着计算机技术的飞速发展,计算机的计算性能在不断提升,同时,计算机硬件的成本与之前相比逐步下降,因而相应的用于研究分子结构和功能的分子动力学模拟的计算成本也在逐步降低。由于传统实验需要大量的人力、物力和时间成本,相比较而言计算机模拟的方法在降低实验成本的同时,能有效提高科研效率;特别是GPU计算技术的发展,大大提高了分子动力学模拟的速度,降低了计算所需的时间成本,帮助科研人员大大提高了研究效率。分子动力学模拟在很大程度上可以对实验进行预测、指导和解释,将计算模拟与实验的结合已经成为目前主要的研究手段。

Discovery Studio作为面向生命科学和药物设计领域的分子模拟与分子设计软件,视窗的操作环境为研究人员们提供一个界面友好的分子动力学模拟环境,在该环境下不需要学习linux等操作系统命令、不需要写脚本,直接使用鼠标就可以使用GPU或CPU进行分子动力学模拟,从而帮助科研人员降低研发成本,提高研发效率。

► 培训主旨:

本次培训班旨在帮助学员系统了解、掌握分子动力学模拟技术的核心原理、参数设置技巧、结果分析、热点问题解决及如何应用Discovery Studio进行分子动力学模拟并上机操作。

 培训对象:

没有或只有少量模拟研究经验,或刚开始使用Discovery Studio软件从事药物研发相关领域的科研人员,或其他研究领域以大分子或小分子为研究对象的人员。

► 培训内容:

本次培训课程将会介绍Discovery Studio软件中可用于分子动力学模拟的工具和方法。包括:分子动力学原理,分子动力学模拟前输入文件的准备和预处理,分子动力学模拟及结果分析等。

► 培训形式:

• 通过文献案例分析讲解DS分子动力学模拟中的应用以及策略,以及相应功能模块的原理介绍;

• 上机操作:讲解DS中分子动力学模拟的具体操作及参数设置。

•  学员交流与讨论,工程师进行现场答疑答疑。

 课程安排:请查看上方课程表”选项

► 网站报名:请点击此处欢迎感兴趣的老师和同学踊跃报名。名额有限,报名从速!

    手机报名:识别以下二维码,手机提交报名

                     


► 培训班联系人

创腾科技有限公司 市场部

电话:0512-67509707(转220)(叶小姐); 021-51821768转233(陈小姐),13916858963

Email:market@neotrident.com

培训网站http://training.neotrident.com/

日期

时间

内容

第一天

 

08:30-09:00

报到和注册
报到地点:苏州创腾培训中心

09:00-10:15

分子模拟、分子动力学模拟及应用案例介绍

分子模拟、分子动力学基本介绍。

10:15-10:30

茶歇

10:30-11:45

分子力学(力场)和力场参数化

分子力学的基本假设和主要形式。

能量优化的常用方法

最陡下降法、共轭梯度法等。

11:45-13:30

午餐

13:30-15:00

溶剂效应

显性溶剂模型、隐性溶剂模型等。

15:00-15:15

茶歇

15:15-16:30

分子动力学

牛顿力学、边界条件、系综、温度和压力的控制等。

16:30-17:15

课程讨论及答疑

第二天

 

09:00-10:15

Discovery Studio基本界面

DS界面介绍,小分子的构建及预处理方法、多肽结构的构建及优化、蛋白结构获取及预处理介绍与实际操作。

10:15-10:30

茶歇

10:30-11:45

分子动力学计算-输入文件准备及预处理:同源模建

同源建模基本原理、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析。

11:45-13:30

午餐

13:30-14:45

分子动力学计算-添加力场、体系溶剂化、Minimization

非标准氨基酸如磷酸化氨基酸的力场添加、添加溶剂盒子,抗衡离子添加,能量最小化,束缚条件的设定,参数设置意义、实际操作技巧及结果分析。

14:45-15:00

茶歇

15:00-16:30

分子动力学计算-平衡、采样(CPU or GPU)及轨迹分析

GPU介绍、平衡状态的判定,RMSD、RMSF、键长、键角、二面角及非键相互作用的分析等参数设置及实际操作;

16:30-17:15

课程讨论及答疑

第三天

09:00-10:15

结合自由能计算方法介绍

结合自由能计算方法及原理介绍。

10:15-10:30

茶歇

10:30-11:45

MM/GBSA及MM/PBSA结合自由能计算

原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析

11:45-13:30

午餐

13:30-15:00

自由能微扰计算结合自由能(FEP)

自由能微扰计算结合自由能,基本原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析

15:00-15:15

茶歇

15:15-16:30

结合自由能分解计算及拉伸分子动力学介绍

结合自由能中氨基酸贡献计算及拉伸分子动力学基本原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析

16:30-17:15

课程讨论及答疑

 

培训费用

1人参加

特惠价格及条件(符合任一条件即可):

1、5月30日前成功报名并汇款;

2、同一单位,≥2人参加 ;

3、同一学员(2011年至今)曾参加过DS培训课程。

学术客户

3600/人

3000/人

企业客户

5400/人

4800/人

注: 1、培训费包含听课费、资料费、上机费、午餐。住宿和交通费自理。

       2、发票为电子发票,学员缴费后现场扫码填写发票信息,发票将发送到学员邮箱,发票内容为“培训费”“会议费”

       3、本次培训不提供增值税专用发票,统一开增值税普通发票。

  付费方式:

    a、银行汇款(请在汇款时务必备注参加人员姓名)

         户   名:州创腾数据科技有限公司 (行号:308305008189)

         开户行:招商银行苏州分行营业部

         账   户:512907942610802

    b、现金支付:培训现场可收取现金或刷卡。

 培训地点:苏州创腾科技培训中心
►  培训地址:

南门地址:江苏省苏州市工业园区东长路88号A2栋301室

西门地址:江苏省苏州市工业园区方中街东50米星巴克旁A2栋301室

【注:建议学员从西门进,离A2栋301室培训教室较近。】

 训周边住宿(请学员自行预定,费用自理):

1)    宾馆名称:桔子酒店(精选)   0512-62628333(最近)
      宾馆地址:江苏省苏州市吴中区港田路南70米文化人才公寓9楼

注:本酒店为创腾学院协议酒店,预定时说明是参加创腾培训即可享受协议价格。

2) 宾馆名称:汉庭酒店(苏州凤凰新天地店)   0512-62805388
      宾馆地址:苏州工业园区南榭雨街9号凤凰新天地商业二期41幢103号

3) 宾馆名称:苏州东沙湖邻里商务酒店         0512-67997868
      宾馆地址:苏州工业园区东沙湖路100号

4) 宾馆名称:宜必思酒店(苏州工业园区中心酒店) 0512-81879966
      宾馆地址:江苏苏州市苏州大道东292号((地铁1号线南施街站4号出口处)

注:以上四个经济型酒店供学员参考。周边住宿非常紧张,提醒学员提早预定住宿。

 园区地图参考

 交通路线参考:

•  苏州园区火车站

1、【沪宁城铁园区站广场站】上车坐258路(星湖首末站北方向),【星湖立交南站】下车,换乘快线7号(凤凰城首末站南方向),【凤凰城首末站】下车,步行350米到。全程约1小时。

2、 打车最短距离约11公里,费用约30元。

•  苏州站

1、 地铁4号线(同里方向)【苏州火车站】上车,【乐桥站】下车换乘地铁1号线(钟南街方向),至【南施街站】下车1号口出,【园区城管大厦站】上快线7号路(凤凰城首末站方向),【凤凰城首末站】下车,步行350米到。全程约1小时10分钟。

2、 打车最短距离约21公里,费用约55元。

•  苏州北站

1、【京沪高铁苏州北站】乘坐快线7号(凤凰城首末站方向),【凤凰城首末站】下车,步行350米到达,全程约1小时30分钟。

2、 打车最短距离约22公里,费用约60元。