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培训新闻

Discovery Studio

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4月分子模拟技术在酶工程与酶设计的应用

培训主题:4月分子模拟技术在酶工程与酶设计的应用

培训时间:2017年4月19-21日,共三天

培训地点:苏州创腾科技培训中心

培训简介:(1701-LS)本次培训班旨在帮助学员快速了解并掌握Discovery Studio中有关酶的理性设计的各模拟技术的核心原理、参数设置技巧、结果分析、热点问题的解决并快速上机操作..

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培训时间:20174月19-21日,共三天
培训地点:苏州创腾科技培训中心(江苏省苏州市工业园区东长路882.5产业园A2301室)

 

培训主旨

本次培训班旨在帮助学员快速了解并掌握Discovery Studio中有关酶的理性设计的各模拟技术的核心原理、参数设置技巧、结果分析、热点问题的解决并快速上机操作,能够将各模拟方法灵活应用到实际的酶领域相关研究课题中,学以致用,解决实际的应用问题。具体包括:
  • 从分子水平分析、预测并优化酶结构
  • 从分子水平预测并解释酶-底物的作用机制
  • 精确计算酶-底物结合自由能
  • 基于理性设计方法改造并优化酶结构
  • 分析可能的突变位点以提高酶的稳定性、同底物的亲和力
  • 观察并分析底物去结合过程及酶构象的改变等 

 

培训对象

没有或只有少量模拟研究经验,或刚开始使用Discovery Studio软件、希望进一步系统掌握软件使用技巧、能够快速上机模拟操作相关课题的酶研究领域人员。 

 

培训内容

本次培训以Discovery Studio软件的基础操作和应用为核心,以酶的理性设计为基础,针对酶的理性设计中所涉及的技术进行介绍与上机操作,包括:基于酶的一级序列预测翻译后修饰位点和酶的三维结构、酶-底物相互作用预测及优化、通过虚拟氨基酸突变设计同底物亲和力更高的酶或稳定性更高的酶、预测并引入新的二硫键提高酶的稳定性、预测酶结构表面易聚集的位点并进行突变优化、采用常规动力学及拉伸动力学分析酶的构象变化等等。

 

培训形式

  • 通过文献案例分析讲解酶理性设计策略,以及相应功能模块的原理介绍;
  • 上机操作:讲解酶理性设计过程中每一步骤的具体操作流程及参数设置(提供完整的培训教程);
  • 学员交流与讨论,工程师进行现场答疑答疑。

 

报名请点击此处欢迎感兴趣的老师和同学踊跃报名。名额有限,报名从速!

 

培训班联系人

创腾科技有限公司 市场部

电话:021-51821768-219(崔小姐)

         021-51821768-233(陈小姐),13916858963

Email:market@neotrident.com

培训网站http://training.neotrident.com/

日期

时间

内容

第一天

 

08:30-09:00

报到和注册
报到地点:苏州创腾培训中心

09:00-10:15

Discovery Studio基本界面

DS背景介绍,DS界面介绍,蛋白与小分子的预处理方法介绍与实际操作。

10:15-10:30

茶歇

10:30-11:45

酶的理性设计概述

酶的理性设计专题之一:酶的序列分析

基于酶的一级序列预测其翻译后修饰位点,应用与操作。

酶的理性设计专题之二:酶结构的构建

同源建模核心原理介绍及案例分析,同源模板的选取技巧、同源模型的优化与评价等。

11:45-13:30

午餐

13:30-15:00

酶的理性设计专题之二:酶结构的构建

同源建模参数设置意义、实际操作技巧及结果分析。

15:00-15:15

茶歇

15:15-16:30

酶的理性设计专题之三:酶与底物相互作用机理研究(CDocker)

分子对接的核心与原理,酶催化位点的定义,酶-底物最终作用模式的选取与分析,关键氨基酸位点的识别与显示方法,CDOCKER基本原理及案例分析。

16:30-17:15

课程讨论及答疑

第二天

 

09:00-10:15

酶的理性设计专题之三:酶与底物相互作用机理研究(CDocker)

CDOCKER参数设置意义、实际操作技巧及结果分析。

10:15-10:30

茶歇

10:30-11:45

酶的理性设计专题之三:酶与底物相互作用机理研究(Flexible Docking)

对接过程中蛋白分子柔性的考虑方法,Flexible Docking基本原理介绍、案例分析;

参数设置意义、Flexible Docking实际操作技巧及结果分析。

11:45-13:30

午餐

13:30-15:00

酶的理性设计专题之三:酶与底物相互作用机理研究(分子动力学模拟)

MD基本原理,溶剂模型的添加,束缚条件的设定,平衡状态的判定等;

MD参数设置意义、实际操作技巧及结果分析。

15:00-15:15

茶歇

15:15-16:45

酶的理性设计专题之三:酶与底物相互作用机理研究(拉伸分子动力学模拟)

SMD基本原理与应用,外力的添加,力时间曲线的生成与分析,PMF的计算与分析;

SMD参数设置意义、实际操作技巧及结果分析。

16:45-17:15

课程讨论及答疑

第三天

09:00-10:00

酶的理性设计专题之三:酶与底物相互作用机理研究(QMMM)

QMMM基本原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析

10:00-10:45

酶的理性设计专题之四:基于亲和力进行酶设计

突变位点、突变组合的建议,原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析

10:45-11:00

茶歇

11:00-11:45

酶的理性设计专题之四:基于热稳定性进行酶设计

突变位点、突变组合的建议,原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析

11:45-13:30

午餐

13:30-14:45

酶的理性设计专题之四:蛋白二硫键的预测与引入

二硫键位点的选取方法,实际操作技巧及结果分析。

酶的理性设计专题之四:基于蛋白聚集效应进行酶设计

建议可能的突变位点降低酶的聚集,基本原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析

14:45-15:00

茶歇

15:00-16:00

酶的理性设计专题之五:筛选酶的潜在底物

筛选命中率提高的方法,Libdock和LigandFit基本原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析

16:00-17:00

课程讨论及答疑

 

课程费用:

注册类型

培训费用

(1人参加)

优惠价格及条件(符合任一条件即可):

1.4月14日前成功报名并汇款;

2. 同一单位,≥2人参加;

3. 同一学员(2011年至今)曾参加过DS培训课程;

学术客户

3600/人

3000/人

企业客户

5400/人

4800/人

注:培训费包含听课费、资料费、上机费、午餐。住宿和交通费自理。

 

收费方式:

 a、银行汇款(请在汇款时务必备注参加人员姓名)

       户   名:北京创腾科技有限公司上海分公司

       开户行:招商银行上海晨晖支行

       账   户:121919707510501

 b、现金支付:培训现场可收取现金或刷卡。

培训地点:苏州创腾科技培训中心
培训地址:江苏省苏州市工业园区东长路88号2.5产业园A2栋301室

周边住宿(请学员自行预定,费用自理):

1) 宾馆名称:汉庭酒店(苏州凤凰新天地店)  0512-62805388|
      宾馆地址:苏州工业园区南榭雨街9号凤凰新天地商业二期41幢103号

2) 宾馆名称:苏州东沙湖邻里商务酒店  0512-67997868
      宾馆地址:苏州工业园区东沙湖路100号

3) 宾馆名称:宜必思酒店(苏州工业园区中心酒店) 0512-81879966
      宾馆地址:江苏苏州市苏州大道东292号((地铁1号线南施街站4号出口处)

注:以上三个经济型酒店供学员参考。周边住宿非常紧张,提醒学员提早预定住宿。

 

园区地图参考:

                        地理位置                                                                    园区图片

 

交通路线参考:

•  苏州园区火车站
   1、【沪宁城铁园区站广场站】上车坐116路,【苏州中学园区校站】下车,步行970米到。全程约1小时10分钟。
   2、打车最短距离约11公里,费用约30元。

•  苏州站
   1、地铁2号线(宝带桥南方向)【苏州火车站】上车,【广济南路站】下车换乘地铁1号线(钟南街方向),至【钟南街站】下车1号口出,【钟南街首末站南站】上209路,【2.5产业园站】下车,步行100米到。全程约1小时20分钟。
   2、打车最短距离约21公里,费用约55元。

•  苏州北站
   1、地铁2号线(宝带桥南方向)【高铁苏州北站】上车,【广济南路站】下车换乘地铁1号线(钟南街方向),【钟南街站】下车1号口出,【钟南街首末站南站】上209路,【2.5产业园站】下车,步行100米到;全程约1小时50分钟。
   2、打车最短距离约22公里,费用约60元。