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培训新闻

Discovery Studio

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12月DS分子模拟【寒假特训】

培训主题:12月DS分子模拟【寒假特训】

培训时间:2016年12月27日-29日,共三天

培训地点:苏州创腾科技培训中心

培训简介:本次课程将重点介绍Discovery Studio中以下几种在药物设计和计算生物学领域常用的计算方法:同源建模、小分子对接、大分子对接、蛋白设计以及药效团。借助DS中这些经典模..

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经典模拟方法在药物设计以及计算生物学领域的应用

—— 同源建模、分子对接、蛋白设计、药效团等

点击下载【PDF课程通知

尊敬的老师和同学,您好!

    创腾科技有限公司将于2016年12月27日-29日特别举办一期生命科学分子模拟寒假特训课程。本次课程的培训主题是 经典模拟方法在药物设计以及计算生物学领域的应用,共为期三天。本次课程将重点介绍Discovery Studio中以下几种在药物设计和计算生物学领域常用的计算方法:同源建模、小分子对接、大分子对接、蛋白设计以及药效团。借助DS中这些经典模拟技术,您可以进行药物的虚拟筛选、药物分子的优化与改造,药物潜在靶标的搜寻,药物靶标蛋白三维结构的预测与评估、蛋白-小分子作用机制的解释、蛋白-蛋白(核酸/多肽)作用模式的预测与分析、蛋白的理性设计与改造等工作。

  

培训相关信息如下:

培训时间:201612月27-29日,共三天
培训地点:苏州创腾科技培训中心(江苏省苏州市工业园区东长路882.5产业园A2301室)

 

培训主旨:

本次培训班旨在帮助学员快速了解并掌握Discovery Studio2017中多种经典的模拟技术——同源建模、分子对接、药效团模型、蛋白设计,包括核心原理、参数设置技巧、结果分析、热点问题的解决并快速上机操作。

 

培训对象:

从事药物研发相关领域的科研工作者,从事蛋白质结构与功能关系研究相关领域的科研工作者,对分子模拟和Discovery Studio软件感兴趣、希望系统掌握软件使用技巧、能够快速上机模拟操作相关课题的老师和同学。

 

培训内容:

本次培训课程将会围绕Discovery Studio2017软件中多种小分子对接算法、全方位的药效团模型构建方法及应用策略、基于目前市场上最大最全药效团模型数据库的反向找靶、基于行业标准同源建模程序的蛋白结构预测与分析、以及业内认可度和使用率最高的大分子对接方法、独特灵活的蛋白虚拟氨基酸突变等技术方法展开介绍。

 

培训形式:

1、通过文献案例分析讲解每一种模拟技术方法的应用以及原理介绍;

2、上机操作(培训现场配有电脑,无需自带):讲解每一种模拟技术方法的具体操作流程及参数设置(提供完整的培训教程);

—3、学员交流与讨论,工程师进行现场答疑答疑。

 

培训班联系人:

创腾科技有限公司 市场部
电话:021-51821768-219(崔小姐),13916476330
         021-
51821768-233(陈小姐),13916858963
Email:market@neotrident.com
Web:www.neotrident.com

日 期

时 间

内 容

第一天

08:30-09:00

报到和注册

报到地点:江苏省苏州市工业园区东长路88号2.5产业园A2栋301室

09:00-10:45

Discovery Studio基本界面

DS背景介绍,DS界面介绍,蛋白与小分子的预处理方法介绍与入门操作

10:45-11:00

茶歇

11:00-12:00

蛋白质三维结构的预测-同源建模MODELER

同源建模核心原理介绍,同源模板的选取技巧等。

12:00-13:30

午餐

13:30-15:00

蛋白质三维结构的预测-同源建模MODELER

同源建模参数设置讲解、实际操作技巧及结果分析。

15:00-15:15

茶歇

15:15-17:15

蛋白-小分子对接LibDOCK

分子对接的核心与原理,蛋白活性位点定义方法,分子对接结果的分析,最优对接构象的选取方法,LibDOCK的原理等;

LibDOCK参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。

17:15-18:00

课程讨论及答疑

第二天

09:00-10:30

蛋白-小分子对接LigandFit

分子对接算法的选取方法,打分函数的选取方法, LigandFit的原理及蛋白活性位点定义方法、参数设置技巧、实际操作技巧等。

10:30-10:45

茶歇

10:45-12:00

蛋白-小分子对接CDOCKER

关键氨基酸的识别与显示方法,作用机理的解释手段,CDOCKER原理介绍、参数设置技巧和实际操作技巧等。

11:45-13:30

午餐

13:30-15:00

蛋白-小分子对接Flexible Docking

对接过程中蛋白分子柔性的考虑方法,Flexible Docking原理介绍、参数设置技巧和实际操作技巧等。

15:00-15:15

茶歇

15:15-17:15

蛋白-蛋白/核酸/多肽分子对接ZDOCK

大分子对接,蛋白-蛋白/核酸/多肽结合模式的确定,结合表面关键残基的分析,原理介绍、案例分析、参数设置、实际操作技巧及结果分析。

17:15-18:00

课程讨论及答疑

第三天

9:00-10:30

蛋白设计:蛋白虚拟氨基酸突变

突变位点、突变组合的建议以提高蛋白复合物亲和力或者提高蛋白的热稳性,pH和温度等环境因素的考虑,原理介绍、参数设置、实际操作技巧及结果分析

10:30-10:45

茶歇

10:45-12:00

药效团模型的构建及应用-定性药效团模型的构建HipHop

经典的基于配体的药物设计方法,训练集分子的选取依据,药效团模型的评价方法,基于药效团的药物虚筛方法。Hiphop参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。

12:00-13:30

午餐

13:30-15:00

药效团模型的构建及应用-定量药效团模型的构建HypoGen

经典的基于配体的药物设计方法,训练集分子的选取依据,药效团模型的评价方法。HypoGen参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。

15:00-15:15

茶歇

15:15-16:15

药效团模型的构建及应用-基于靶标结构的药效团模型构建SBP

SBP方法的原理、实际操作方法。

16:15-17:15

药效团模型的构建及应用-基于受体-配体复合物的药效团模型构建CBP

基于药效团模型数据库PharmaDB的反向找靶

CBP方法的原理及操作,反向找靶的策略,基于药效团反向找靶的结果分析,靶标的确认方法等。

17:15-18:00

课程讨论及答疑

 

培训费用:

培训费用

1人参加

特惠价格及条件(符合任一条件即可):

1、在12月19日确认报名并汇款;

2、同一单位,≥2人参加 。

学生(凭学生证)

3500/人

2500/人

教师或企业客户

3500/人

3000/人

注: 培训费包含听课费、资料费、上机费、午餐。住宿和交通费自理。

 

收费方式:

 a、银行汇款(请在汇款时务必备注参加人员姓名)

       户   名:北京创腾科技有限公司上海分公司

       开户行:招商银行上海晨晖支行

       账   户:121919707510501

 b、现金支付:培训现场可收取现金或刷卡。

培训地点:苏州创腾科技培训中心
培训地址:江苏省苏州市工业园区东长路88号2.5产业园A2栋301室

周边住宿(请学员自行预定,费用自理):

1) 宾馆名称:汉庭酒店(苏州凤凰新天地店)  0512-62805388|
      宾馆地址:苏州工业园区南榭雨街9号凤凰新天地商业二期41幢103号

2) 宾馆名称:苏州东沙湖邻里商务酒店  0512-67997868
      宾馆地址:苏州工业园区东沙湖路100号

3) 宾馆名称:宜必思酒店(苏州工业园区中心酒店) 0512-81879966
      宾馆地址:江苏苏州市苏州大道东292号((地铁1号线南施街站4号出口处)

注:以上三个经济型酒店供学员参考。周边住宿非常紧张,提醒学员提早预定住宿。

 

园区地图参考:

                        地理位置                                                                    园区图片

 

交通路线参考:

•  苏州园区火车站
   1、【沪宁城铁园区站广场站】上车坐116路,【苏州中学园区校站】下车,步行970米到。全程约1小时10分钟。
   2、打车最短距离约11公里,费用约30元。

•  苏州站
   1、地铁2号线(宝带桥南方向)【苏州火车站】上车,【广济南路站】下车换乘地铁1号线(钟南街方向),至【钟南街站】下车1号口出,【钟南街首末站南站】上209路,【2.5产业园站】下车,步行100米到。全程约1小时20分钟。
   2、打车最短距离约21公里,费用约55元。

•  苏州北站
   1、地铁2号线(宝带桥南方向)【高铁苏州北站】上车,【广济南路站】下车换乘地铁1号线(钟南街方向),【钟南街站】下车1号口出,【钟南街首末站南站】上209路,【2.5产业园站】下车,步行100米到;全程约1小时50分钟。
   2、打车最短距离约22公里,费用约60元。