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培训新闻

Discovery Studio

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12月DS辅助酶的理性设计培训班

培训主题:12月DS辅助酶的理性设计培训班

培训时间:2016年12月14-16日,共三天

培训地点:苏州创腾科技培训中心

培训简介:新版本DS中引入了新的拉伸动力学模拟SMD技术,借助该技术可以使在实验条件下微妙至秒时间范围发生的生物化学过程可以在纳秒尺度内进行模拟,从而动态再现目前实验无法提..

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尊敬的老师和同学,您好!

    创腾科技有限公司将于2016年12月14日-16日在苏州举办一期“Discovery Studio2016辅助酶的理性设计”生命科学分子模拟培训班,共为期三天。

    随着Discovery Studio2016由BIOVIA公司向全球正式发布,新版本DS中引入了新的拉伸动力学模拟SMD技术,借助该技术可以使在实验条件下微妙至秒时间范围发生的生物化学过程可以在纳秒尺度内进行模拟,从而动态再现目前实验无法提供的酶-底物结合或解离或蛋白质受力解折叠的过程,继而应用于酶-底物结合自由能的精确预测,底物去结合过程的研究以及酶的去折叠及构象改变过程。至此,借助DS中的模拟技术可以全面开展酶的理性设计工作,包括:能够从分子水平分析、预测并优化酶结构,从分子水平预测并解释酶-底物的作用机制,基于理性设计方法改造并优化酶、建议可能的突变位点以提高酶的稳定性、同底物的亲和力,精确计算酶-底物结合自由能,观察并分析底物去结合过程及酶构象的改变等工作。
 

培训相关信息如下:

培训时间:2016年12月14-16日,共三天

培训地点:苏州创腾科技培训中心(江苏省苏州市工业园区东长路88号2.5产业园A2栋301室)

培训主旨:

本次培训班旨在帮助学员快速了解并掌握Discovery Studio2016中有关酶的理性设计的各模拟技术的核心原理、参数设置技巧、结果分析、热点问题的解决并快速上机操作,能够将各模拟方法灵活应用到实际的酶领域相关研究课题中,学以致用,解决实际的应用问题。

 

培训对象:

没有或只有少量模拟研究经验,或刚开始使用Discovery Studio软件、希望进一步系统掌握软件使用技巧、能够快速上机模拟操作相关课题的酶研究领域人员。

 

培训内容:

本次培训以Discovery Studio2016软件的基础操作和应用为核心,以酶的理性设计为基础,针对酶的理性设计中所涉及的技术进行介绍与上机操作,包括:基于酶的一级序列预测翻译后修饰位点和酶的三维结构、酶-底物相互作用预测及优化、通过虚拟氨基酸突变设计同底物亲和力更高的酶或稳定性更高的酶、预测并引入新的二硫键提高酶的稳定性、预测酶结构表面易聚集的位点并进行突变优化、采用常规动力学及拉伸动力学分析酶的构象变化等等。

 

培训形式:

•  通过文献案例分析讲解酶理性设计策略,以及相应功能模块的原理介绍;
•  上机操作:讲解酶理性设计过程中每一步骤的具体操作流程及参数设置(提供完整的培训教程);
•  学员交流与讨论,工程师进行现场答疑答疑。

 

报名请点击此处欢迎感兴趣的老师和同学踊跃报名。额有限,报名从速!

 

培训班联系人

创腾科技有限公司 市场部

电话:021-51821768-219(崔小姐),13916476330

         021-51821768-233(陈小姐),13916858963
Email:market@neotrident.com
培训网站: http://training.neotrident.com/

 

日期 时间 内容
第一天 08:30-09:00 报到和注册
报到地点:苏州创腾培训中心
09:00-10:15 Discovery Studio基本界面
DS背景介绍,DS界面介绍,蛋白与小分子的预处理方法介绍与实际操作。
10:15-10:30 茶歇
10:30-11:45 酶的理性设计概述
酶的理性设计专题之一:酶的序列分析
基于酶的一级序列预测其翻译后修饰位点,应用与操作。
酶的理性设计专题之二:酶结构的构建
同源建模核心原理介绍及案例分析,同源模板的选取技巧、同源模型的优化与评价等。
11:45-13:30 午餐
13:30-15:00 酶的理性设计专题之二:酶结构的构建
同源建模参数设置意义、实际操作技巧及结果分析。
15:00-15:15 茶歇
15:15-16:30 酶的理性设计专题之三:酶与底物相互作用机理研究(CDocker)
分子对接的核心与原理,酶催化位点的定义,酶-底物最终作用模式的选取与分析,关键氨基酸位点的识别与显示方法,CDOCKER基本原理及案例分析。
16:30-17:15 课程讨论及答疑
第二天 09:00-10:15 酶的理性设计专题之三:酶与底物相互作用机理研究(CDocker)
CDOCKER参数设置意义、实际操作技巧及结果分析。
10:15-10:30 茶歇
10:30-11:45 酶的理性设计专题之三:酶与底物相互作用机理研究(FlexDock) 
对接过程中蛋白分子柔性的考虑方法,Flexible Docking基本原理介绍、案例分析;
参数设置意义、Flexible Docking实际操作技巧及结果分析。
11:45-13:30 午餐
13:30-15:00 酶的理性设计专题之三:酶与底物相互作用机理研究(分子动力学模拟)
MD基本原理,溶剂模型的添加,束缚条件的设定,平衡状态的判定等;
MD参数设置意义、实际操作技巧及结果分析。
15:00-15:15 茶歇
15:15-16:45 酶的理性设计专题之三:酶与底物相互作用机理研究(拉伸分子动力学模拟)
SMD基本原理与应用,外力的添加,力时间曲线的生成与分析,PMF的计算与分析;
SMD参数设置意义、实际操作技巧及结果分析。
16:45-17:15 课程讨论及答疑
第三天 09:00-10:00 酶的理性设计专题之三:酶与底物相互作用机理研究(QMMM)
QMMM基本原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析
10:00-10:45 酶的理性设计专题之四:基于亲和力进行酶设计
突变位点、突变组合的建议,原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析
10:45-11:00 茶歇
11:00-11:45 酶的理性设计专题之四:基于热稳定性进行酶设计
突变位点、突变组合的建议,原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析
11:45-13:30 午餐
13:30-14:45 酶的理性设计专题之四:蛋白二硫键的预测与引入
二硫键位点的选取方法,实际操作技巧及结果分析。
酶的理性设计专题之四:基于蛋白聚集效应进行酶设计
建议可能的突变位点降低酶的聚集,基本原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析
14:45-15:00 茶歇
15:00-16:00 酶的理性设计专题之五:筛选酶的潜在底物
筛选命中率提高的方法,Libdock和LigandFit基本原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析
16:00-17:00 课程讨论及答疑

 

课程费用:

注册类型

培训费用

(1人参加)

优惠价格及条件(符合任一条件即可):

1.12月7日前成功报名并汇款;

2. 同一单位,≥2人参加;

3. 同一学员(2011年至今)曾参加过DS培训课程;

学术客户

3600/人

3000/人

企业客户

5400/人

4800/人

注:培训费包含听课费、资料费、上机费、午餐。住宿和交通费自理。

 

收费方式:

 a、银行汇款(请在汇款时务必备注参加人员姓名)

       户   名:北京创腾科技有限公司上海分公司

       开户行:招商银行上海晨晖支行

       账   户:121919707510501

 b、现金支付:培训现场可收取现金或刷卡。

培训地点:苏州创腾科技培训中心
培训地址:江苏省苏州市工业园区东长路88号2.5产业园A2栋301室

周边住宿(请学员自行预定,费用自理):

1) 宾馆名称:汉庭酒店(苏州凤凰新天地店)  0512-62805388|
      宾馆地址:苏州工业园区南榭雨街9号凤凰新天地商业二期41幢103号

2) 宾馆名称:苏州东沙湖邻里商务酒店  0512-67997868
      宾馆地址:苏州工业园区东沙湖路100号

3) 宾馆名称:宜必思酒店(苏州工业园区中心酒店) 0512-81879966
      宾馆地址:江苏苏州市苏州大道东292号((地铁1号线南施街站4号出口处)

注:以上三个经济型酒店供学员参考。周边住宿非常紧张,提醒学员提早预定住宿。

 

园区地图参考:

                        地理位置                                                                    园区图片

 

交通路线参考:

•  苏州园区火车站
   1、【沪宁城铁园区站广场站】上车坐116路,【苏州中学园区校站】下车,步行970米到。全程约1小时10分钟。
   2、打车最短距离约11公里,费用约30元。

•  苏州站
   1、地铁2号线(宝带桥南方向)【苏州火车站】上车,【广济南路站】下车换乘地铁1号线(钟南街方向),至【钟南街站】下车1号口出,【钟南街首末站南站】上209路,【2.5产业园站】下车,步行100米到。全程约1小时20分钟。
   2、打车最短距离约21公里,费用约55元。

•  苏州北站
   1、地铁2号线(宝带桥南方向)【高铁苏州北站】上车,【广济南路站】下车换乘地铁1号线(钟南街方向),【钟南街站】下车1号口出,【钟南街首末站南站】上209路,【2.5产业园站】下车,步行100米到;全程约1小时50分钟。
   2、打车最短距离约22公里,费用约60元。