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培训新闻

Discovery Studio

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11月DS中药研发科学化、现代化解决方案

培训主题:11月DS中药研发科学化、现代化解决方案

培训时间:2016年11月30-12月2日,共三天

培训地点:北京大学计算中心二层2号机房

培训简介:本次培训班旨在帮助学员系统了解中医药研发方面的经典模拟技术——中草药数据库的检索与提取、分子对接、片段药物设计、药效团模型、反向找靶、ADMET性质的预测、虚拟组..

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尊敬的老师和同学,您好!

    创腾科技有限公司将于2016年11月30日-12月2日在北京举办一期“中药研发科学化、现代化解决方案”生命科学分子模拟培训班,共为期三天。

    随着屠呦呦因其发现青蒿素的突出贡献而获得2015年诺贝尔生理学或医学奖,成为首位获得诺贝尔科学类奖项的中国科学家、首位获得诺贝尔生理医学奖的华人科学家,中药发展也迎来新的契机。如何才能挖掘出传统医学“宝库”中更多的“神药”?如何实现中药研发的科学化、现代化?这是中药研发亟待解决的问题。创腾科技,作为国内资深的生命科学信息提供商,基于中药数据库、药物设计与模拟平台Discovery Studio以及信息整合和流程定制平台Pipeline Pilot,能够为中药研发科学化、现代化提供科学的解决方案,包括中药化合物数据信息的提供、中药的虚拟筛选、中药结构的改造与优化、中药-靶标作用机理的解释、中药构效关系的分析、中药的成药性评价、中药靶向原理和有效成分的预测、以中药化合物为起始结构设计组合化合物库等方面。

 

培训相关信息如下:

培训时间:2016年11月30-12月2日,共三天

培训地点:北京大学计算中心二层1号机房(北京市海淀区颐和园路5号)

 

培训主旨:

本次培训班旨在帮助学员系统了解中医药研发方面的经典模拟技术——中草药数据库的检索与提取、分子对接、片段药物设计、药效团模型、反向找靶、ADMET性质的预测、虚拟组合化合物库的设计,包括核心原理、参数设置技巧、结果分析、热点问题的解决并快速上机操作等,使学员在中药设计领域中经典模拟方法的使用方面有更为深刻地理解和提高。

培训对象:

从事中药研发或药物研发相关领域的科研工作者,希望了解分子模拟、对分子模拟感兴趣、想借助分子模拟技术来开展中药研究工作并能快速上机模拟操作的相关人员。

培训内容:

本次培训主要以Discovery Studio2016软件为依托,围绕中药设计的一些热点问题,如:中药的虚拟筛选、中药结构的改造与优化、中药-靶标作用机理的解释、中药构效关系的分析、中药的成药性评价、中药靶向原理和有效成分的预测、以中药化合物为起始结构设计组合化合物库等,对DS2016中多种分子对接算法、全面的基于片段的药物设计策略、全方位的药效团模型构建方法、基于目前市场上最全药效团模型数据库的反向找靶方法、ADMET性质的预测及类药性的分析、虚拟组合化合物库的设计等技术方法及在上述热点问题中的应用进行全面介绍与探讨。此外,本次培训也将介绍TCMD中药化学数据库的检索及应用,以及基于Pipeline Pilot开发的反向对接流程进行中药有效成分的靶标搜寻应用。

- 中药化合物的虚拟筛选:以TCMD中药化学数据库为虚筛来源,基于分子对接、药效团、LUDI片段设计、ADMET预测、类药性分析进行虚拟筛选;

- 中药化合物的改造:基于分子对接、药效团、片段药物设计在中药化合物骨架基础上进行改造与优化;

- 中药化合物构效关系的解释以及药靶作用机理的解释:基于分子对接预测中药化合物-靶标的作用模式和关键氨基酸位点并解释构效关系;

- 中药有效成分的确定及潜在靶标的搜寻:基于药效团确认中药有效成分,基于药效团模型数据库PharmaDB、PP反向对接流程进行靶标的反向虚筛;

-以中药化合物为起始结构设计虚拟组合化合物库。

 

培训形式:

●  通过文献案例分析讲解中药设计策略,以及相应功能模块的原理介绍;;

●  —上机操作练习:讲解每种设计方法过程中每一步骤的具体操作流程及参数设置(提供完整的培训教程);

●   学员交流与讨论,工程师进行现场答疑答疑。

报名请点击此处,欢迎感兴趣的老师和同学踊跃报名。名额有限,报名从速!

培训班联系人

创腾科技有限公司 市场部

电话: 021-51821768-233(陈小姐),13916858963
Email
market@neotrident.com
培训网站: http://training.neotrident.com/

 
日期 时间 内容
第一天 8:00-9:00 报到和注册
报到地点:苏州创腾培训中心
9:00-9:30 中药化学数据库TCMD检索及应用的介绍
检索有哪些化合物从某种指定中药药用植物中分离得到;基于结构式进行精确或子结构检索;从药理活性数据检索化合物及其对应的植物来源等;将TCMD数据导出并基于DS进行虚筛。
09:30-10:45 Discovery Studio基本界面
DS背景介绍,DS界面介绍,蛋白与小分子的预处理方法介绍与入门操作。
10:45-11:00 茶歇
11:00-12:00 中药化合物的虚拟筛选-分子对接LibDOCK
化合物虚筛流程的介绍,分子对接的核心与原理,蛋白活性位点定义方法,分子对接结果的分析,最优对接构象的选取方法,LibDOCK的原理等。
12:00-13:30 午餐
13:30-14:30 中药化合物的虚拟筛选-分子对接LibDOCK
LibDOCK参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。
14:30-14:45 茶歇
14:45-16:00 中药化合物的虚拟筛选-分子对接LigandFit
分子对接算法的选取方法,打分函数的选取方法,虚筛真阳性分子命中率的提高方法,LigandFit的原理及蛋白活性位点定义方法、参数设置技巧、实际操作技巧等。
16:00-17:15 中药-靶标作用机理研究/构效关系分析-分子对接CDOCKER
关键氨基酸的识别与显示方法,作用机理的解释手段,CDOCKER原理介绍、参数设置技巧和实际操作技巧等。
17:15-18:00 课程讨论及答疑
第二天 09:00-10:30 中药-靶标作用机理研究/构效关系分析-分子对接Flexible Docking
对接过程中蛋白分子柔性的考虑方法,Flexible Docking原理介绍、参数设置技巧和实际操作技巧等。
10:30-10:45 茶歇
10:45-12:00 中药化合物的改造-基于片段的药物设计LUDI
全新药物设计方法,分子的优化与改造方法,基于LUDI的虚拟筛选,LUDI的算法原理、参数设置技巧和实际操作技巧。
12:00-13:30 午餐
13:30-15:00 中药化合物的改造-基于片段的药物设计Grow Scaffold/Replace Fragment
化合物改造的新方法,化合物电子等排体的替换方法,化合物片段生长的新方法,化合物骨架跃迁,参数设置技巧和实际操作技巧等。
15:00-15:15 茶歇
15:15-17:15 药效团模型的构建及应用-定性药效团模型的构建HipHop 
经典的基于配体的药物设计方法,训练集分子的选取依据,药效团模型的评价方法,基于药效团的虚筛方法。Hiphop参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。
17:15-18:00 课程讨论及答疑
第三天 09:00-10:30 药效团模型的构建及应用-定量药效团模型的构建HypoGen
经典的基于配体的药物设计方法,训练集分子的选取依据,药效团模型的评价方法,基于药效团的虚筛方法。HypoGen参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。
10:30-10:45 茶歇
10:45-12:00 药效团模型的构建及应用-基于靶标结构的药效团模型构建SBP
SBP方法的原理、实际操作方法,反向找靶的策略,中药有效成分的确定策略。
12:00-13:30 午餐
13:30-14:45 药效团模型的构建及应用-基于受体-配体复合物的药效团模型构建CBP
基于药效团模型数据库PharmaDB的反向找靶
CBP方法的原理及操作,反向找靶的策略,中药有效成分的确定,基于药效团反向找靶的结果分析,基于药效团确认中药有效成分的结果分析等。
14:45-15:30 中药化合物靶向原理的预测
-基于Pipeline Pilot开发的反向对接进行反向找靶,该功能也可导入DS来使用
15:30-15:45 茶歇
15:45-16:30 中药化合物成药性评价
-ADMET性质的预测、类药性的分析
16:30-17:15 以中药化合物作为起始结构设计虚拟组合化合物库
-多种不同虚拟组合化合物库的构建与优化策略
17:15-18:00 课程讨论及答疑

 

课程费用:

注册类型

培训费用

(1人参加)

优惠价格及条件(符合任一条件即可):

1.11月20日前成功报名并汇款;

2. 同一单位,≥2人参加;

3. 同一学员(2011年至今)曾参加过DS培训课程;

学术客户

3600/人

3000/人

企业客户

5400/人

4800/人

注:培训费包含听课费、资料费、上机费、午餐。住宿和交通费自理。

 

收费方式:

 a、银行汇款(请在汇款时务必备注参加人员姓名)

       户   名:北京创腾科技有限公司上海分公司

       开户行:招商银行上海晨晖支行

       账   户:121919707510501

 b、现金支付:培训现场可收取现金或刷卡。

培训地点:北京大学计算中心二层2号机房

培训地址:北京市海淀区颐和园路5号(培训班地址靠近北京大学东南门,中关村北大街)

交通信息:地铁4号线【北京大学东门】站下,D出口向南200米即到。

注:出入学校大门,请务必随身携带身份证

 

周边住宿(以下信息仅供参考,请学员自行预定):  

1、宾馆名称:北京资源燕园宾馆

     宾馆地址:北京市海淀区颐和园路1号(硅谷电脑城对面,海淀桥东北角,北京大学西南门) 
     宾馆电话:(010)82629988
2、宾馆名称:锦江之星酒店(中关村店)
     宾馆地址:北京市海淀区海淀大街42号(海淀桥西南角)
     宾馆电话:(010)82623688
3、宾馆名称:中国科学院北京博思园客座公寓
     宾馆地址:北京市海淀区中关村北二条7号(北四环中关村三桥向北第一个红绿灯左转200米)
     宾馆电话:010-62642816 
注:经济型酒店房源紧张,请学员尽早预定。