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培训新闻

Discovery Studio

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6月DS计算机辅助药物设计

培训主题:6月DS计算机辅助药物设计

培训时间:2016年6月20-22日,共三天

培训地点:苏州创腾科技培训中心

培训简介:本次培训班旨在帮助学员们系统掌握Discovery Studio2016中有关药物设计的多种经典的模拟技术——分子对接、片段药物设计、药效团模型、反向找靶、分子动力学/拉伸分子动..

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点击下载【PDF课程通知】

尊敬的老师和同学,您好!

    创腾科技有限公司将于2016620-22苏州举办一期“计算机辅助药物设计”生命科学分子模拟培训班,共为期三天。

    随着多学科交叉理论的发展和计算机性能的提升,计算机辅助药物设计已被应用到药物研发的各个领域,发展成为一种切实有效的手段与工具来加速药物研发的进程。药物设计与模拟平台Discovery Studio2016的发布,在已有的基于受体结构和基于配体的药物设计方法基础上,引入了新的拉伸动力学模拟SMD技术,能够研究时间尺度更广的生物学过程,动态再现配体去结合过程及蛋白构象的变化,揭示去结合过程中受体-配体相互作用细节,分析关键氨基酸残基,精确预测受体-配体结合自由能等,从而为药物研发工作者提供更加完善的药物设计研究工具。

  

培训相关信息如下:

培训时间:2016年6月20-22日,共三天
培训地点:苏州创腾科技培训中心(江苏省苏州市工业园区东长路88号2.5产业园A2栋301室)

 

培训主旨:

本次培训班旨在帮助学员们系统掌握Discovery Studio2016中有关药物设计的多种经典的模拟技术——分子对接、片段药物设计、药效团模型、反向找靶、分子动力学/拉伸分子动力学,包括核心原理、参数设置技巧、结果分析、热点问题的解决以及快速上机操作等,用以辅助进行药物的虚拟筛选、药物分子的优化与改造、全新药物设计、药物潜在靶标的搜寻,以及药靶作用机制和药物构效关系的解释等工作。

 

培训对象:

从事药物研发相关领域的科研工作者,有兴趣想要借助Discovery Studio软件来开展药物设计工作的相关人员,希望能进一步系统掌握分子模拟技术、软件使用技巧、能够快速上机模拟操作相关课题的老师和同学。

 

培训内容:

本次培训课程将会围绕Discovery Studio 2016中多种分子对接算法、全面的基于片段的药物设计方案以及全方位的药效团模型构建方法及应用策略、基于目前市场上最大最全药效团模型数据库的反向找靶、分子动力学和拉伸分子动力学模拟等技术方法展开介绍,探讨如何选择对接算法和打分函数,如何分析对接结果,如何选取不同的药效团模型构建方法,如何选取构建药效团的训练集,如何调整参数优化构建得到的药效团,如何改造优化先导化合物并且考虑可合成性,如何快速全面分析可能的潜在靶标,如何精细研究受体-配体互作及受体构象的变化等问题。

 

培训形式:

●  通过文献案例分析介绍每种药物设计经典方法的应用,及相应功能模块的原理介绍;

●  —上机操作练习:讲解每种设计方法过程中每一步骤的具体操作流程及参数设置(提供完整的培训教程);

●   学员交流与讨论,工程师进行现场答疑答疑。

 

报名请点击此处欢迎感兴趣的老师和同学踊跃报名。名额有限,报名从速!

培训班联系人

创腾科技有限公司 市场部

电话: 021-51821768-233(陈小姐),13916858963
          021-51821768-259(柳小姐),15721488751
Email:market@neotrident.com
培训网站: http://training.neotrident.com/

 

日期

时间

内容

一天

08:30-09:00

报到和注册
报到地点:苏州创腾培训中心

09:00-10:45

Discovery Studio基本界面

DS背景介绍,DS界面介绍,蛋白与小分子的预处理方法介绍与入门操作。

10:45-11:00

茶歇

11:00-12:00

药物的虚拟筛选-分子对接LibDOCK

药物虚筛流程的介绍,分子对接的核心与原理,蛋白活性位点定义方法,分子对接结果的分析,最优对接构象的选取方法,LibDOCK的原理等。

12:00-13:30

午餐

13:30-14:30

药物的虚拟筛选-分子对接LibDOCK

LibDOCK参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。

14:30-14:45

茶歇

14:45-16:00

药物的虚拟筛选-分子对接LigandFit

分子对接算法的选取方法,打分函数的选取方法,虚筛真阳性分子命中率的提高方法,LigandFit的原理及蛋白活性位点定义方法、参数设置技巧、实际操作技巧等。

16:00-17:15

蛋白-小分子作用机理研究-分子对接CDOCKER

关键氨基酸的识别与显示方法,作用机理的解释手段,CDOCKER原理介绍、参数设置技巧和实际操作技巧等。

17:15-18:00

课程讨论及答疑

第二天

 

09:00-10:30

蛋白-小分子作用机理研究-分子对接Flexible Docking

对接过程中蛋白分子柔性的考虑方法,Flexible Docking原理介绍、参数设置技巧和实际操作技巧等。

10:30-10:45

茶歇

10:45-12:00

基于片段的药物设计-LUDI

全新药物设计方法,分子的优化与改造方法,基于LUDI的虚拟筛选,LUDI的算法原理、参数设置技巧和实际操作技巧。

12:00-13:30

午餐

13:30-15:00

基于片段的药物设计-Grow ScaffoldReplace Fragment

化合物改造的新方法,化合物电子等排体的替换方法,化合物片段生长的新方法,化合物骨架跃迁,参数设置技巧和实际操作技巧等。

15:00-15:15

茶歇

15:15-17:15

药效团模型的构建及应用-定性药效团模型的构建HipHop

经典的基于配体的药物设计方法,训练集分子的选取依据,药效团模型的评价方法,基于药效团的虚筛方法。Hiphop参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。

17:15-18:00

课程讨论及答疑

第三天

09:00-10:30

药效团模型的构建及应用-定量药效团模型的构建HypoGen

经典的基于配体的药物设计方法,训练集分子的选取依据,药效团模型的评价方法,基于药效团的虚筛方法。HypoGen参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。

10:30-10:45

茶歇

10:45-12:00

药效团模型的构建及应用-基于靶标结构的药效团模型构建SBP

SBP方法的原理、实际操作方法。

12:00-13:30

午餐

13:30-14:45

药效团模型的构建及应用-基于受体-配体复合物的药效团模型构建CBP

基于药效团模型数据库PharmaDB的反向找靶

CBP方法的原理及操作,反向找靶的策略,药效团模型数据库的构建,基于药效团反向找靶的结果分析,靶标的确认方法等。

14:45-15:00

茶歇

15:00-17:15

分子动力学/拉伸分子动力学

MD/SMD基本原理与应用,溶剂模型的添加,束缚条件的设定,MD平衡状态的判定,SMD力时间曲线的生成与分析,PMF的计算等。

17:15-18:00

课程讨论及答疑

 

课程费用:

 

注册类型

培训费用

(1人参加)

优惠价格及条件(符合任一条件即可):

1.6月13日前成功报名并汇款;

2. 同一单位,≥2人参加;

3. 同一学员(2011年至今)曾参加过DS培训课程;

学术客户

3600/人

3000/人

企业客户

5400/人

4800/人

注:培训费包含听课费、资料费、上机费、午餐。住宿和交通费自理。

 

收费方式:

 a、银行汇款(请在汇款时务必备注参加人员姓名)

       户   名:北京创腾科技有限公司上海分公司

       开户行:招商银行上海晨晖支行

       账   户:121919707510501

    b、现金支付:培训现场可收取现金或刷卡。

培训地点:苏州创腾科技培训中心
培训地址:江苏省苏州市工业园区东长路88号2.5产业园A2栋301室

周边住宿(请学员自行预定,费用自理):

1) 宾馆名称:汉庭酒店(苏州凤凰新天地店)  0512-62805388|
      宾馆地址:苏州工业园区南榭雨街9号凤凰新天地商业二期41幢103号

2) 宾馆名称:苏州东沙湖邻里商务酒店  0512-67997868
      宾馆地址:苏州工业园区东沙湖路100号

3) 宾馆名称:宜必思酒店(苏州工业园区中心酒店) 0512-81879966
      宾馆地址:江苏苏州市苏州大道东292号((地铁1号线南施街站4号出口处)

注:以上三个经济型酒店供学员参考。周边住宿非常紧张,提醒学员提早预定住宿。

 


园区地图参考:

                        地理位置                                                                    园区图片

 

交通路线参考:

•  苏州园区火车站
   1、【沪宁城铁园区站广场站】上车坐116路,【苏州中学园区校站】下车,步行970米到。全程约1小时10分钟。
   2、打车最短距离约11公里,费用约30元。

•  苏州站
   1、地铁2号线(宝带桥南方向)【苏州火车站】上车,【广济南路站】下车换乘地铁1号线(钟南街方向),至【钟南街站】下车1号口出,【钟南街首末站南站】上209路,【2.5产业园站】下车,步行100米到。全程约1小时20分钟。
   2、打车最短距离约21公里,费用约55元。

•  苏州北站
   1、地铁2号线(宝带桥南方向)【高铁苏州北站】上车,【广济南路站】下车换乘地铁1号线(钟南街方向),【钟南街站】下车1号口出,【钟南街首末站南站】上209路,【2.5产业园站】下车,步行100米到;全程约1小时50分钟。
   2、打车最短距离约22公里,费用约60元。