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培训新闻

Discovery Studio

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11月经典模拟方法在药物虚筛和改造、药靶作用机理解释以及药靶搜寻的应用

培训主题:11月经典模拟方法在药物虚筛和改造、药靶作用机理解释以及药靶搜寻的应用

培训时间:2015年11月21-23日(周六至周一)

培训地点:北京大学计算中心(二层)1号机房

培训简介:本次培训班旨在帮助学员们系统掌握药物设计中多种经典的模拟技术,用以辅助进行药物的虚拟筛选、药物分子的优化与改造、全新药物设计、药物潜在靶标的搜寻,以及药靶作用..

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经典模拟方法在药物虚筛和改造、药靶作用机理解释以及药靶搜寻的应用

——分子对接、片段设计、药效团模型、反向找靶、QSAR、ADMET等

 

点击下载【PDF课程通知

尊敬的老师和同学,您好!

    创腾科技有限公司将于2015年11月21日至23日在北京举办一期药物设计培训班。本次课程的培训主题是“经典模拟方法在药物虚筛和改造、药靶作用机理解释以及药靶搜寻的应用”,共为期三天。

   本次培训班旨在帮助学员们系统掌握药物设计中多种经典的模拟技术,用以辅助进行药物的虚拟筛选、药物分子的优化与改造、全新药物设计、药物潜在靶标的搜寻,以及药靶作用机制和药物构效关系的解释等工作。在本次培训课程中,我们将会围绕Discovery Studio 4.5中多种分子对接算法、全面的基于片段的药物设计方案以及全方位的药效团模型构建方法及应用策略、基于目前市场上最大最全药效团模型数据库的反向找靶等技术方法展开介绍,探讨如何选择对接算法和打分函数,如何分析对接结果,如何选取不同的药效团模型构建方法,如何选取构建药效团的训练集,如何调整参数优化构建得到的药效团,如何改造优化先导化合物并且考虑可合成性,如何快速全面分析可能的潜在靶标等问题。

培训相关信息如下:

培训时间:11月21-23日,共三天
培训地点:北京大学计算中心(二层)
培训地址:北京海淀区中关村北大街144号北京大学东南门进入,务必随身携带身份证
培训专题:经典模拟方法在药物虚筛和改造、药靶作用机理解释以及药靶搜寻的应用

培训内容:
本次培训班以Discovery Studio4.5软件的基础操作和应用为核心,针对药物设计中一些经典模拟方法,如分子对接、基于片段的分子设计、药效团模型、反向找靶等技术以及这些模拟技术在如下方向的应用进行介绍与上机操作:

— 先导化合物的发现:基于分子对接、药效团、LUDI片段设计、ADMET及类药性分析预测的虚拟筛选;

• — 先导化合物的优化:基于分子对接、药效团、QSAR、基于化合物可合成性的片段设计、基于化合物电子等排体替换的骨架跃迁;

• — 化合物构效关系的解释以及药靶作用机理的解释:基于分子对接预测药靶作用模式和关键氨基酸位点并解释构效关系、基于药效团和QSAR预测化合物活性并解释构效关系;

• — 潜在靶标的搜寻:基于药效团模型数据库PharmaDB的反向虚筛。


培训形式:

•  通过文献案例分析介绍每种设计方法的应用,及相应功能模块的原理介绍;

•  上机操作练习:讲解每种设计方法过程中每一步骤的具体操作流程及参数设置(提供完整的培训教程);

•  学员交流与讨论,工程师进行现场答疑答疑。

 

培训对象:

没有或只有少量模拟研究经验,或刚开始使用Discovery Studio软件、希望进一步系统掌握软件使用技巧、能够快速上机模拟操作相关课题的药物研究人员。

 

培训班联系人:

创腾科技有限公司 市场部

电话:021-58353866-219(崔小姐),13916476330
         021-58353866-233(陈小姐),13916858963
Email
market@neotrident.com
培训网站: http://training.neotrident.com/

 

 

创腾科技有限公司 生命科学部
2015年9月14日

日期

时间

内容

第一天

8:00-9:00

报到和注册
报到地点:北京大学计算中心(二层)1号机房

09:00-10:45

Discovery Studio基本界面

DS背景介绍,DS界面介绍,蛋白与小分子的预处理方法介绍与入门操作。

10:45-11:00

茶歇

11:00-12:00

药物的虚拟筛选-分子对接LibDOCK

药物虚筛流程的介绍,分子对接的核心与原理,蛋白活性位点定义方法,分子对接结果的分析,最优对接构象的选取方法,LibDOCK的原理等。

12:00-13:30

午餐

13:30-14:30

药物的虚拟筛选-分子对接LibDOCK

LibDOCK参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。

14:30-14:45

茶歇

14:45-16:00

药物的虚拟筛选-分子对接LigandFit

分子对接算法的选取方法,打分函数的选取方法,虚筛真阳性分子命中率的提高方法,LigandFit的原理及蛋白活性位点定义方法、参数设置技巧、实际操作技巧等。

16:00-17:15

蛋白-小分子作用机理研究-分子对接CDOCKER

关键氨基酸的识别与显示方法,作用机理的解释手段,CDOCKER原理介绍、参数设置技巧和实际操作技巧等。

17:15-18:00

课程讨论及答疑

第二天

 

09:00-10:30

蛋白-小分子作用机理研究-分子对接Flexible Docking

对接过程中蛋白分子柔性的考虑方法,Flexible Docking原理介绍、参数设置技巧和实际操作技巧等。

10:30-10:45

茶歇

10:45-12:00

基于片段的药物设计-LUDI

全新药物设计方法,分子的优化与改造方法,基于LUDI的虚拟筛选,LUDI的算法原理、参数设置技巧和实际操作技巧。

12:00-13:30

午餐

13:30-15:00

基于片段的药物设计-Grow Scaffold/Replace Fragment

化合物改造的新方法,化合物电子等排体的替换方法,化合物片段生长的新方法,参数设置技巧和实际操作技巧等。

15:00-15:15

茶歇

15:15-17:15

药效团模型的构建及应用-定性药效团模型的构建HipHop

经典的基于配体的药物设计方法,训练集分子的选取依据,药效团模型的评价方法,基于药效团的虚筛方法。Hiphop参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。

17:15-18:00

课程讨论及答疑

第三天

09:00-10:30

药效团模型的构建及应用-定量药效团模型的构建HypoGen

经典的基于配体的药物设计方法,训练集分子的选取依据,药效团模型的评价方法,基于药效团的虚筛方法。HypoGen参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。

10:30-10:45

茶歇

10:45-12:00

药效团模型的构建及应用-基于靶标结构的药效团模型构建SBP

SBP方法的原理、实际操作方法。

12:00-13:30

午餐

13:30-14:45

药效团模型的构建及应用-基于受体-配体复合物的药效团模型构建CBP

基于药效团模型数据库PharmaDB的反向找靶

CBP方法的原理及操作,反向找靶的策略,药效团模型数据库的构建,基于药效团反向找靶的结果分析,靶标的确认方法等。

14:45-15:00

茶歇

15:00-16:30

定量构效关系QSAR(2D-QSAR/3D-QSAR)
经典的基于配体的药物设计方法,QSAR方法的原理、实际操作方法,训练集分子的选取依据,分子叠合的不同方法,基于3D-QSAR的化合物改造。

16:30-17:15

化合物ADMET性质的预测、化合物类药性的分析、化合物结构相似性分析

17:15-18:00

课程讨论及答疑

 

培训费用:

注册类型

培训费用
(1人参加)

优惠价格及条件(符合任一条件即可)

1、11月16日前成功报名并汇款;

2、同一单位,≥2人参加;

3、同一学员(2011年至今)曾参加过DS培训课程。

 
 

学术客户

3600/人

3000/人

 

企业客户

5400/人

4800/人

 

注: 培训费包含听课费、资料费、上机费和午餐,住宿和交通费自理。

收费方式:

    a、银行汇款(请在汇款时务必备注参加人员姓名)
       户   名:北京创腾科技有限公司上海分公司
       开户行:中国工商银行上海市分行浦东开发区白杨路支行
       账   户:1001154119006907319
    b、现金支付:培训现场可收取现金或刷卡。

 

地点:北京大学计算中心(二层)1号机房

地址:北京海淀区中关村北大街144号 (北京大学东南门) 

注:出入学校大门,请务必随身携带身份证

周边住宿(以下信息仅供参考,请学员自行预定):  

1、宾馆名称:北京资源燕园宾馆
     宾馆地址:北京市海淀区颐和园路1号(硅谷电脑城对面,海淀桥东北角,北京大学西南门) 
     宾馆电话:(010)82629988
2、宾馆名称:锦江之星酒店(中关村店)
     宾馆地址:北京市海淀区海淀大街42号(海淀桥西南角)
     宾馆电话:(010)82623688
3、宾馆名称:中国科学院北京博思园客座公寓
     宾馆地址:北京市海淀区中关村北二条7号(北四环中关村三桥向北第一个红绿灯左转200米)
     宾馆电话:010-62642816 
注:北大周边房源紧张,请学员尽早预定。
 
交通路线:
首都机场——北京大学
1、乘坐出租车费用约120元;
2、乘坐机场大巴中关村线,在北京大学东门站下车,步行至北京大学。
北京南站——北京大学
1、 乘坐出租车费用约70元;
2、乘坐地铁4号线(安河桥北方向),在北京大学东门站下车(D出口离东南门较近)。
北京站——北京大学
1、乘坐出租车费用约70元;
2、乘坐地铁2号线(内环),在西直门站下车(9站),站内换乘地铁4号线(安河桥北方向),在北京大学东门站下车(D出口离东南门较近)。
北京西站——北京大学
1、 乘坐出租车费用约40元;
2.、乘坐地铁9号线(国家图书馆方向),在国家图书馆站下车(4站),站内换乘地铁4号线(安河桥北方向),在北京大学东门站下车(D出口离东南门较近)