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培训新闻

Discovery Studio

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12月分子模拟技术在酶工程与酶设计的应用培训班【已满额】

培训主题:12月分子模拟技术在酶工程与酶设计的应用培训班【已满额】

培训时间:2015年12月26-28日(周六至周一)

培训地点:北京大学计算中心(二层)机房

培训简介:本次培训以Discovery Studio4.5软件的基础操作和应用为核心,以酶催化机理及理性设计为基础,针对酶催化机理及设计中所涉及的技术进行介绍与上机操作,包括:基于酶的一..

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分子模拟技术在酶工程与酶设计的应用

—— 同源建模、分子对接、分子动力学、QM/MM、虚拟氨基酸突变等

 

点击下载【PDF课程通知

尊敬的老师/同学,您好!

    创腾科技有限公司将于2015年12月底举办一期针对酶的理性设计的生命科学分子模拟培训班。本次课程的培训主题是 “分子模拟技术在酶工程与酶设计的应用——同源建模、分子对接、分子动力学、QM/MM、虚拟氨基酸突变等”,共为期三天。

    如果您从事酶相关研究领域的研究工作,对分子模拟和Discovery Studio感兴趣,想要借助DS中的模拟技术来开展酶的理性设计相关工作,包括从分子水平分析和预测酶结构,从分子水平预测并解释酶-底物的作用机制,借助计算模拟技术改造并优化酶、建议可能的突变位点以提高酶的稳定性、同底物的亲和力等工作,那么您可以参加此次的培训课程。通过本次培训课程,您可以快速掌握各模拟技术的核心原理并快速上机操作,将各模拟方法灵活应用到实际的酶领域相关研究课题中,解决实际的应用问题。

  

培训相关信息如下:

培训时间:12月26日-28日,共三天
培训地点:北京大学计算中心(二层)
培训地址:北京海淀区中关村北大街144号 (北京大学东南门)
 
培训名称:酶催化机理及酶设计

培内容

本次培训以Discovery Studio4.5软件的基础操作和应用为核心,以酶催化机理及理性设计为基础,针对酶催化机理及设计中所涉及的技术进行介绍与上机操作,包括:基于酶的一级序列预测翻译后修饰位点和酶的三维结构、酶-底物相互作用预测及优化、通过虚拟氨基酸突变设计同底物亲和力更高的酶或稳定性更高的酶、预测并引入新的二硫键提高酶的稳定性、预测酶结构表面易聚集的位点并进行突变优化等等。

 

培训形式

    •    通过文献案例分析讲解酶理性设计策略,以及相应功能模块的原理介绍;

    •    上机操作:讲解酶理性设计过程中每一步骤的具体操作流程及参数设置(提供完整的培训教程);

    •    学员交流与讨论,工程师进行现场答疑答疑。

 

培训对象

没有或只有少量模拟研究经验,或刚开始使用Discovery Studio软件、希望进一步系统掌握软件使用技巧、能够快速上机模拟操作相关课题的酶研究领域人员。

 

培训班联系人

创腾科技有限公司 市场部

电话:021-58353866-219(崔小姐),13916476330
         021-58353866-233(陈小姐),13916858963
Email
market@neotrident.com
培训网站: http://training.neotrident.com/

 

 

创腾科技有限公司 生命科学部
2015年9月14日 

日期

时间

内容

第一天

08:00-09:00

报到和注册
报到地点:北京大学计算中心( 二层)1号机房

09:00-10:15

Discovery Studio基本界面

DS背景介绍,DS界面介绍,蛋白与小分子的预处理方法介绍与实际操作。

10:15-10:30

茶歇

10:30-11:45

酶催化机理及酶设计概述

酶催化机理及酶设计专题之一:酶的序列分析

基于酶的一级序列预测其翻译后修饰位点,应用与操作。

酶催化机理及酶设计专题之二:酶结构的构建

同源建模核心原理介绍及案例分析,同源模板的选取技巧、同源模型的优化与评价等。

11:45-13:30

午餐

13:30-15:00

酶催化机理及酶设计专题之二:酶结构的构建

同源建模参数设置意义、实际操作技巧及结果分析。

15:00-15:15

茶歇

15:15-16:30

酶催化机理及酶设计专题之三:酶与底物相互作用机理研究(CDocker)

分子对接的核心与原理,酶催化位点的定义,酶-底物最终作用模式的选取与分析,关键氨基酸位点的识别与显示方法,CDOCKER基本原理及案例分析。

16:30-17:15

课程讨论及答疑

第二天

09:00-10:30

酶催化机理及酶设计专题之三:酶与底物相互作用机理研究(CDocker)

CDOCKER参数设置意义、实际操作技巧及结果分析。

10:30-10:45

茶歇

10:45-11:45

酶催化机理及酶设计专题之三:酶与底物相互作用机理研究(FlexDock)

对接过程中蛋白分子柔性的考虑方法,Flexible Docking基本原理介绍、案例分析。

11:45-13:30

午餐

13:30-14:45

酶催化机理及酶设计专题之三:酶与底物相互作用机理研究(FlexDock)参数设置意义、Flexible Docking实际操作技巧及结果分析

14:45-15:00

茶歇

15:00-15:45

酶催化机理及酶设计专题之三:酶与底物相互作用机理研究(分子动力学模拟)

MD基本原理,溶剂模型的添加,束缚条件的设定,平衡状态的判定等。

15:45-16:45

酶催化机理及酶设计专题之三:酶与底物相互作用机理研究(分子动力学模拟)

MD参数设置意义、实际操作技巧及结果分析。

16:45-17:15

课程讨论及答疑

第三天

09:00-10:00

酶催化机理及酶设计专题之三:酶与底物相互作用机理研究(QMMM)

QMMM基本原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析

10:00-10:45

酶催化机理及酶设计专题之四:基于亲和力进行酶设计

突变位点、突变组合的建议,原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析

10:45-11:00

茶歇

11:00-11:45

酶催化机理及酶设计专题之四:基于热稳定性进行酶设计

突变位点、突变组合的建议,原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析

11:45-13:30

午餐

13:30-14:45

酶催化机理及酶设计专题之四:蛋白二硫键的预测与引入

二硫键位点的选取方法,实际操作技巧及结果分析。

酶催化机理及酶设计专题之四:基于蛋白聚集效应进行酶设计

建议可能的突变位点降低酶的聚集,基本原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析

14:45-15:00

茶歇

15:00-16:00

酶催化机理及酶设计专题之五:筛选酶的潜在底物

筛选命中率提高的方法,Libdock和LigandFit基本原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析

16:00-17:00

课程讨论及答疑

 

 

课程费用:

注册类型

培训费用
1人参加

优惠价格及条件(符合任一条件即可)

1、12月21日前成功报名并汇款;

2、同一单位,≥2人参加;

3、 同一学员(2011年至今)曾参加过DS培训课程;

 
 

学术客户

3600/人

3000/人

 

企业客户

5400/人

4800/人

 

注: 培训费包含听课费、资料费、上机费和午餐,住宿和交通费自理。

收费方式:

      a、银行汇款(请在汇款时务必备注参加人员姓名)

           户 名:北京创腾科技有限公司上海分公司

           开户行:中国工商银行上海市分行浦东开发区白杨路支行

           开户行代码:102290015418

           账 户:1001154119006907319

      b、现场缴费:培训现场可收取现金或刷卡。

地点:北京大学计算中心(二层)1号机房

地址:北京海淀区中关村北大街144号 (北京大学东南门) 

注:出入学校大门,请务必随身携带身份证

周边住宿(以下信息仅供参考,请学员自行预定):  

1、宾馆名称:北京资源燕园宾馆
     宾馆地址:北京市海淀区颐和园路1号(硅谷电脑城对面,海淀桥东北角,北京大学西南门) 
     宾馆电话:(010)82629988
2、宾馆名称:锦江之星酒店(中关村店)
     宾馆地址:北京市海淀区海淀大街42号(海淀桥西南角)
     宾馆电话:(010)82623688
3、宾馆名称:中国科学院北京博思园客座公寓
     宾馆地址:北京市海淀区中关村北二条7号(北四环中关村三桥向北第一个红绿灯左转200米)
     宾馆电话:010-62642816 
注:北大周边房源紧张,请学员尽早预定。
 
交通路线
首都机场——北京大学
1、乘坐出租车费用约120元;
2、乘坐机场大巴中关村线,在北京大学东门站下车,步行至北京大学。
北京南站——北京大学
1、 乘坐出租车费用约70元;
2、乘坐地铁4号线(安河桥北方向),在北京大学东门站下车(D出口离东南门较近)。
北京站——北京大学
1、乘坐出租车费用约70元;
2、乘坐地铁2号线(内环),在西直门站下车(9站),站内换乘地铁4号线(安河桥北方向),在北京大学东门站下车(D出口离东南门较近)。
北京西站——北京大学
1、 乘坐出租车费用约40元;
2.、乘坐地铁9号线(国家图书馆方向),在国家图书馆站下车(4站),站内换乘地铁4号线(安河桥北方向),在北京大学东门站下车(D出口离东南门较近)